ようこそ、みなさん。
はじめに
「やっぱりね...」というか
「前から指摘してる人いたじゃない...」というか
なんというか...
「PCR検査」に関しまして、面白い(面白がってられないですが)ニュースが目に飛び込んできました。
BBCの報道より
新型コロナウイルスの感染を確かめるPCR検査が、その繊細さから、過去に感染したウイルスの死骸を検知している可能性があると、イギリスの研究チームが指摘した。
www.bbc.com より
詳しい内容は記事を読んでいただくとして。
この報道を受け、日本経済新聞もニュースを流しています。
イギリスの研究チームの報告の内容
拙いですが、簡単に和訳させていただいたものをご紹介させていただきます。
(翻訳開始)
COVID-19のPCR検査結果が陽性の場合、感染性だということか?
2020年8月5日
Tom Jefferson, Carl Heneghan, Elizabeth Spencer, Jon Brassey
ウイルスのPCR検出は、その正確さが理解できる限り役に立ちます。RNAを微量で検出する能力を提供しますが、そのRNAが感染性ウイルスを表すかどうかは明確ではない場合があります。
Covid-19の経口糞便感染のオープンエビデンスレビューの際に、ヒトサンプルから生きたSARS-CoV-2ウイルスを培養しようとした研究や報告されている研究がいかに少ないかに注目しました。
というのも、ウイルス培養は、ウイルスの診断指標となるテストの予測特性を理解するために、そのテストを測定し、校正しなければならないゴールドスタンダードまたはリファレンステストとみなされているからです。ウイルス培養では、実験室の細胞株にウイルスを注入して、細胞にダメージを与えたり死滅させたりするかどうかを確認します。
そこで我々は、ウイルスの培養や分離、逆転写酵素ポリメラーゼ連鎖反応(RT-PCR)のデータを報告している研究からのエビデンスをレビューし、PCR結果が感染性をどのように反映しているかをより深く理解することを目的としています。
COVID-19感染性評価のためのウイルス培養。 系統的レビュー。 Tom Jefferson, Elizabeth Spencer, Jon Brassey, Carl Heneghan
medRxiv 2020.08.04.20167932; doi:
https://doi.org/10.1101/2020.08.04.20167932
何を見つけたか?
Covid-19患者からのサンプルを用いてSARS-CoV-2の培養または分離を報告している研究を検索した。
Covid-19 と診断された患者の様々なサンプルから SARS-CoV による組織浸潤を培養または観察することに成功した14の研究を同定した。これらの研究の質は、プロトコル、標準化された方法、報告書が不足しており、中程度であった。
PCRの結果がウイルス培養の結果とどのように関係しているかについては、データがまばらである。検体採取から検査までの時間、症状の重症度、感染症の可能性との間にはいくつかの関係があるという証拠がある。
私たちが見つけた研究の1つ(Bullard et al)は、患者グループのサンプルのウイルス培養を調査し、PCR検査のデータや症状の発症時期と比較しました。
Bullardで報告された下の図は、サイクル閾値が低い場合(青線)と、症状から検査までの時間が短い場合(8日を超えて生ウイルスが検出されなかった場合)にSARS-CoV-2感染ウイルスが検出される確率が高くなることを示しています(赤線)。
コロナウイルス感染症入院患者における感染ウイルスの排出:持続期間と重要な決定因子 medRxiv 2020.06.08.20125310.
※ 画像はWhat are the risk factors and effectiveness of prophylaxis for venous thromboembolism in COVID-19 patients? - CEBM より
Kampen氏らは、COVID-19の入院患者129人を対象に、感染性ウイルスの脱落を調査した。感染性ウイルスの脱落期間は症状発症後0日から20日までの範囲であり、症状発症後15日を経過した時点で感染性ウイルスを検出する確率は5%以下に低下した。また、感染性SARS-CoV-2の検出にはウイルス量が関係しており、血清中に中和抗体が検出されるとウイルスは非感染性になると報告している。
サンプルの採取時期はウイルス培養に重要であると思われた。ある症例報告では、SARS-CoV-2のRT-PCRは症状発症から63日目までウイルスを検出し続けたが、ウイルスは最初の18日以内に採取された呼吸器検体からのみ分離された。59人の患者のコホート(分析疫学における手法の1つ)では、呼吸器の脱落が止まった後の方が糞便排出が長かった。Guptaらの報告によると、呼吸器検体を除去した後のウイルスRNAの糞便排出までの期間は1日から33日であり、1人の患者では症状発症から47日までであった。
これらの研究では、RT-PCR の結果とウイルス培養の成功率との関連を正確に定量的に評価することはできませんでした。これらの研究は十分に標準化された方法で行われておらず、報告バイアスの影響を受けている可能性があります。
さらに、状況が重要です。生ウイルスを検出するためのサイクル閾値レベルは、症状の重症度や症状の持続期間、検査の質に応じて、また設定(病院 vs 地域社会)によって異なります。サイクル閾値とは、増幅テストを繰り返して陽性の結果を得る回数のことです。ウイルス濃度が高ければ高いほど、増幅検査の回数を減らす必要があります。
なぜサイクル閾値カットオフが重要なのか?
RT-PCRは、逆転写酵素と呼ばれる酵素を用いて、特定のRNAの断片を一致するDNAの断片に変化させます。その後、PCRは、分子の数を何度も2倍にすることで、指数関数的にDNAを増幅します。DNAのコピーには蛍光シグナルが付着しており、蛍光シグナルが検出可能なほど十分に増幅されたときに検査は陽性とみなされます。
サイクル閾値(Ct値と呼ばれる)は、蛍光シグナルがある閾値を超えるのに必要な増幅サイクル数である。これにより、非常に小さなサンプルのRNAを増幅して検出することができる。
サイクル閾値レベルが低いほど、サンプル中のRNA(遺伝物質)の量が多くなります。サイクル数が高いほど、サンプル中に存在するRNAの量が少なくなる。
これは何を意味するのか?
この検出問題は、RNAウイルスの検出にはユビキタスである。SARS-CoV、MERS、インフルエンザ・エボラおよびジカウイルスのRNAは、感染ウイルスが消滅してからもずっと後に検出されることがあります。
免疫システムはウイルスを中和し、さらなる感染を防ぐために働きます。感染段階は1週間ほど続きますが、不活化RNAは時間の経過とともにゆっくりと分解されるため、感染性が消失してからも何週間も経ってから検出されることがあります。
PCRによるウイルス検出は、その限界を理解していれば有用であるが、微量のRNAを検出する一方で、感染性ウイルスを検出できないことが多いため、結果には注意が必要である。
何を結論づけることができるのでしょうか?
これらの研究は、PCRの結果自体が人間のサンプルからのウイルス培養を予測する可能性が低いという変動する品質の限られたデータを提供しました。 PCRの結果が疾患とどのように関連しているかについては、十分な注意が払われていない可能性があります。 感染性との関係は不明であり、これについてはより多くのデータが必要です。
これが理解されていない場合、PCRの結果は、感染リスクを示さない大規模なグループの人々を制限する可能性があります。
この結果は、ウイルスRNA負荷のカットオフを使用すべきであることを示している:誰が感染しているのか、アウトブレイクの程度を把握し、感染をコントロールするために。
次は?
我々のレビューはオープン・エビデンス・レビューである。 追加のエビデンスが利用可能になり次第、知見を更新する予定である。原稿をプレプリントサーバーMedRxivに投稿しました(こちらを参照)。今後も、アップデートに含まれるであろうさらなる研究(Kampen et alなど)を検索して見つけ出す予定です。
一方、コメントがある方、他にも含めるべき研究がある方、特に感染者や感染症と診断された方は、tom.jefferson@conted.ox.ac.uk までお送りください。
すべてのコメントに目を通しますが、回答を約束することはできません。
Are you infectious if you have a positive PCR test result for COVID-19? - CEBM より
(翻訳ここまで)
最後に
ようやく、BBCが「こういう可能性」について報道しましたので、これに多くのメディアも追従するのかな?と期待します。
それにしても、研究が発表されて報道されるまでに一ヶ月が過ぎています。
これってどうなんでしょうかね...
日本でも、つい最近こんな芸能ニュースが流れていました。
矢作は3日深夜放送のTBSラジオ「おぎやはぎのメガネびいき」(木曜深夜1・00)に相方の小木とともに電話で番組に出演。PCR検査の結果、新型コロナウイルス陽性だったと明かし「新しいケースなの。陽性なんだけど、俺はもう治っているの」などと話していた。
矢作さんのケースなんかは「治ってる(ウイルスが死んでいる)のに、そのウイルスの死骸を検知したから陽性ということになった」という例なだけで「新しいケース」ではないんじゃないでしょうか?
まさに「イギリスの研究チームの報告にある通り」の。
最初の頃にPCR検査に詳しい医療従事者の方が警鐘を鳴らされていた通り、PCR検査は「ウイルスの遺伝子を」検出する検査ですので「ウイルスの断片」や「感染力をすでに失っているウイルス」でも陽性になるということでしょう。
正直、私も「中国から謎のウイルスが発生した」との一報を、だいぶ早い段階で知ってから、かなりの危機感を覚えて警戒していました。
私が「なんか起こってるかもな?」と最初に感じたニュースがこちらでした。
abcnews.go.comCOVID-19パンデミック年表 - 新型コロナウイルス感染症時系列まとめ(〜2019/12/31) - あなたがあなたの救世主
そして「覚悟」のようなものを決めていました。
「自分が感染しても、それを他人に感染させないようにしよう」と。
最悪、自室にこもるために紙オムツも購入しましたし、徹底的に家族との接触を絶つつもりでした。
※ 「自宅待機」とかの場合は、ですが。
発生源が「中国である」ということや様々な要因が重なり、全世界的な集団ヒステリー状態が発生しているように思います。
「PCR検査」については、他にも書いているので、よろしければ併せてお読みください。
kazzhirock.hatenablog.jpkazzhirock.hatenablog.jp
「遺伝物質を増幅させて検出する」のが「PCR検査」です。
「PCR検査における陽性」とは「検体内に当該遺伝子が存在した」という意味でしかありません。
その検体を提出した本人が「感染してる」とか「他人に感染させる恐れがある」という意味ではありません。
また。
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